BHTG Việt Nam Chi nhánh khu vực Đồng bằng sông Cửu long (gọi tắt là chi nhánh khu vực ĐBSCL), được thành lập theo quyết định số 13/2001/QĐ-HĐQT, ngày 02/04/2001, của Hội đồng quản trị BHTG Việt Nam. Chức năng nhiệm vụ chính của chi nhánh là nhằm tổ chức, triển khai thực hiện chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của BHTG Việt Nam đối với các tổ chức tham gia BHTG hoạt động trên địa bàn bao gồm các tỉnh sau: Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Cần Thơ, Vĩnh Long, Đồng Tháp, An Giang và Kiên Giang. Trụ sở chính của Chi nhánh đặt tại TP. Cần Thơ tỉnh Cần Thơ (nay là TP. Cần Thơ). Đến năm 2005 Chi nhánh tiếp nhận thêm 2 tỉnh Tiền Giang, Bến Tre, và tỉnh Hậu Giang (mới thành lập) nâng mức quản lý toàn khu vực lên đến 12 tỉnh và một thành phố. Hiện nay trên toàn địa bàn khu vực có 122 QTDND cơ sở 7 Ngân hàng TMCP.
Chi nhánh khu vực ĐBSCL là một trong hai chi nhánh được thành lập sớm nhất trong hệ thống BHTG Việt Nam (được thành lập sau Chi nhánh TP. Hồ Chí Minh một năm), từ khi BHTG Việt Nam ra đời, do tính đặc thù và tính cấp thiết của hoạt động ngân hàng trong khu vực, nhận thức được tầm quan trọng của khu vực này nhằm trấn an dư luận và ổn định chính trị, đó chính là lý do mà chi nhánh này được ra đời rất sớm.
Chi nhánh khu vực ĐBSCL là đơn vị trực thuộc BHTG Việt Nam, có tư cách pháp nhân, có bảng cân đối kế toán, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại kho bạc Nhà nước và các ngân hàng thương mại trên địa bàn.
Bộ máy tổ chức của Chi nhánh khu vực ĐBSCL hiện nay bao gồm: Ban giám đốc: có 2 người; Các phòng ban: Phòng kiểm tra; Phòng kế toán; Phòng tổ chức hành chánh; Phòng giám sát chi trả; Phòng tổng hợp; Số lượng cán bộ nhân viên toàn chi nhánh : có 40 người.
