Hiện nay đang áp dụng hình thức thanh toán theo phí dịch vụ ( như phần 2 đã đề cập). Phương thức thanh toán này bộc lộ nhiều khuyết điểm như dễ dẫn đến vỡ quỹ khám chữa bệnh, tình trạnng bội chi, cơ sở khám chữa bệnh không tiết kiệm được chi phí. Cần áp dụng nhiều phương thức thanh toán chi phí khám chữa bệnh khác như thanh toán theo định suất ,…nhằm tạo lập quyền chủ động cho cơ quan Bảo hiểm xã hội cũng như cơ sở khám chữa bệnh, nâng cao trách nhiệm của bệnh viện và chất lượng cung cấp dịch vụ y tế cho mọi đối tượng tham gia BHYT.
Cơ chế thanh toán giữa cơ quan Bảo hiểm xã hội với các cơ sở khám chữa bệnh cần xác định rõ ràng. Không nên khống chế nguồn chi đối với các cơ sở khám chữa bệnh ( dễ dẫn đến việc khám bệnh hình thức, không đủ liều, thuốc qua loa như thực tế dư luận phản ánh)
Các phương thức cần nghiên cứu để thay thế phương thức thanh toán theo phí dịch vụ mà các nước trên thế giới đang áp dụng:
Thanh toán theo định suất với những quy định công bằng hơn. Quỹ phải được khoán hợp lý ở nơi đăng ký ban đầu, được tính toán đầy đủ, có tính đến trình độ chuyên môn của từng tuyến điều trị, tính đến cơ cấu đối tượng đăng ký ban đầu, quỹ được chuyển kịp thời cho bệnh viện tự quản lý chi tiêu.
Thanh toán theo định mức ngân sách; Thanh toán theo chẩn đoán (Nhật Bản đang áp dụng); Kết hợp nhiều phương thức thanh toán cho từng nhóm đối tượng khám chữa bệnh nội trú và ngoại trú. Muốn thực hiện được sự đa dạng hóa phương thức này thì phải làm thí điểm tại một số địa phương chọn lọc theo vùng trên cơ sở khảo sát hướng khám chữa bệnh của nhân dân và của các nhóm đối tượng.
Phương thức tham gia cũng cần điều chỉnh mở rộng hơn trong BHYT tự nguyện, không nên khống chế phần trăm tham gia trong hộ gia đình. Vì mục tiêu là hướng tới BHYT toàn dân nên ai có nhu cầu tham gia thì nên đáp ứng. Việc này không dễ nhưng thiết nghĩ phải cố gắng thực hiện và phải thực hiện đồng bộ với việc phát hiện gian lận trong khám chữa bệnh, có bệnh thì mới chữa và cấp thuốc, không bệnh thì từ chối thẳng; vì nếu chúng ta mở rộng phương thức tham gia, không khống chế mà nhiều người cùng tham gia thì nguy cơ gian lận trong khám chữa bệnh, lợi dụng tấm thẻ BHYT rất cao.