Với mức đóng như trên, sau khi người sử dụng lao động và người lao động thực hiện đóng nộp đầy đủ, đúng hướng dẫn sẽ được cấp thẻ BHYT và hưởng các dịch vụ y tế trong danh mục theo quy định trong NĐ63/2005/NĐ-CP. Các bệnh viện, cơ sở y tế có ký hợp đồng khám chữa bệnh BHYT với cơ quan Bảo hiểm xã hội có trách nhiệm cung cấp các dịch vụ y tế theo đúng quy định.
Nguyên nhân chính là do chưa có sự thống nhất giữa các bên về một số nội dung trong hợp đồng; Nhiều trạm y tế xã chưa đảm bảo điều kiện về cơ sở vật chất, trang bị và đội ngũ cán bộ để đảm bảo chất lượng khám chữa bệnh cho người có thẻ BHYT. Bên cạnh đó sự thay đổi về phân cấp quản lý đối với trạm y tế xã cũng là một trong những lý do dẫn đến việc chưa thực hiện được rộng rãi và thống nhất công tác khám chữa bệnh BHYT ở xã.
Thêm vào đó một số văn bản hướng dẫn sau Nghị định chưa kịp thời và đồng bộ, chưa thống nhất trong thanh tóan viện phí giữa các nhóm đối tượng người bệnh; một số quy định cụ thể về quyền lợi và tổ chức thực hiện như Danh mục bổ sung về vật tư y tế, thuốc, chất phóng xạ dùng trong chẩn đóan, điều trị ung thư theo quy định tại Thông tư liên tịch số 03 chưa đựơc ban hành; sự chậm trễ trong việc xây dựng, phê duyệt bảng giá của các cơ sở khám chữa bệnh để cơ quan Bảo hiểm xã hội có cơ sở thanh tóan.
Việc cung cấp các dịch vụ y tế như cơ sở vật chất, trang thiết bị, giường bệnh,… tại các bệnh viện, cơ sở y tế còn hạn chế.
