Ở cấp tỉnh và cấp huyện, công tác BHYT cũng được thực hiện lồng ghép với các công tác thu chi quỹ hưu trí và quỹ BHXH ngắn hạn. Hoạt động giám sát, kiểm tra thực hiện các chính sách BHXH, trong đó có chính sách BHYT được giao cho Hội đồng quản lý BHXH VN. Hội đồng có các thành viên đại diện lãnh đạo của Bộ Tài chính, Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội, Bộ Y tế, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam và Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam.
Tại tuyến y tế cơsở, nơi các chế độ, chính sách đối với người tham gia BHYT cần được theo dõi sát sao nhất thì số lượng cán bộ và năng lực cán bộ được phân công thực hiện nhiệm vụ này còn hạn chế, không đáp ứng được nhu cầu theo dõi, giám sát và đảm bảo quyền lợi, chất lượng dịch vụ y tế cũng như việc mở rộng đối tượng tham gia BHYT, kể cả tại các thành phố lớn. Nhiều BHXH cấp huyện thiếu cán bộ giám định có trình độ hiểu biết vềy tế, tuy có được đào tạo nhanh trong 3 tháng, nhưng vẫn không đáp ứng được yêu cầu của công tác giám định (ví dụ có nhiệm vụ giám định việc sử dụng thuốc cho bệnh nhân BHYT song không đọc được đơn thuốc).
Ứng dụng công nghệ thông tin trong hệ thống quản lý BHYT vẫn đang ở giai đoạn sơkhai, mới chỉ đáp ứng một phần nhu cầu trong in thẻ – phiếu khám chữa bệnh. Cho tới nay, BHXH Việt Nam vẫn chưa phát triển được phần mềm dùng chung trong hệ thống bệnh viện để quản lý dịch vụ khám chữa bệnh và chi phí khám chữa bệnh BHYT. Vì vậy, trong hệ thống cung ứng dịch vụ y tế, công việc ghi chép, theo dõi sử dụng dich vụ và chi phí khám chữa bệnh BHYT vẫn được thực hiện chủ yếu theo phương pháp thủ công, tạo ra gánh nặng hành chính khá lớn cho đơn vị cung ứng dịch vụ, đặc biệt là tại các cơsở y tế hiện đang quá tải bệnh nhân BHYT.
