Mức phí BHYT cần được xác định sao cho có thể đáp ứng được chi phí của nhu cầu chăm sóc sức khỏe cơbản. Ít nhất, mức phí BHYT bình quân phải đảm bảo bù đắp chi phí điều trị23. Chừng nào mức phí còn thấp hơn quá nhiều so với nhu cầu chi phí y tế thì chừng đó ý nghĩa của cơ chế tài chính BHYT trong cải cách mới chỉ là nửa vời.
Đối với khu vực BHYT cho người nghèo, cần tính tới khả năng hầu hết người bệnh nặng, chi phí lớn kéo dài ở cả nước sẽ trở thành người nghèo (bẫy nghèo trong y tế) và được hưởng lợi từ quỹ BHYT cho người nghèo. Nhưvậy, cần dự báo khả năng mức phí BHYT người nghèo ngày càng cao (dần dần có thể cao hơn mức phí của nhóm đối tượng lao động hưởng lương).
Mức phí BHYT khu vực của người làm công ăn lương cần căn cứ theo thu nhập thực tế, thay vì tính theo tiền lương danh nghĩa, nhằm mục đích đảm bảo người tham gia BHYT đóng góp theo khả năng thực sự, chứ không đóng góp theo khảnăng danh nghĩa. Giả sử chi phí y tế dành cho điều trị là 60% tổng chi phí y tế thì phí BHYT bình quân đầu người hiện tại cần đạt mức tối thiểu là 15 USD/năm (với giả thiết tổng chi phí y tế bình quân đầu người là 25 USD/năm), tức khoảng 240.000 đồng/người/năm.
Để đảm bảo công bằng, nhà nước cần có trách nhiệm sử dụng ngân sách để cùng đóng góp phí BHYT cho người tham gia BHYT khu vực lao động tự do, trước hết là cho nông dân.
