Luật BHYT cần quy định về các phương thức thanh tóan chi phí khám chữa bệnh BHYT giữa quỹ BHYT và nhà cung ứng dịch vụ (công và tư), ưu tiên sử dụng các phương thức thanh tóan khuyến khích tính chi phí hiệu quả.
Nên từng bước thay thế phương thức thanh toán phí dịch vụ bằng các phương pháp phù hợp hơn; thực hiện các giải pháp khống chế chi phí y tế (thông qua phương thức thanh toán phù hợp) nhằm đảm bảo tính bền vững về tải chính cho hệ thống y tế – quỹ BHYT. Tuy nhiên, cũng chi nên thay đổi phương thức thanh toán khi đã điều chỉnh được mức phí BHYT phù hợp, bởi với mức phí thấp thì sự thay đổi phương thức thanh toán không có ý nghĩa và khó được chấp nhận.
Cần tiếp tục xem xét vấn đề cùng chi trả chi phí khám chữa bệnh của người tham gia BHYT ở mức độ cùng chi trả và phương pháp nộp tiền cùng chi trả hợp lý, thay vì cho việc quỹ BHYT chi trả 100% chi phí khám chữa bệnh nhưhiện nay (nhưng mặt khác quỹ BHYT lại chỉ chi trả tới một mức nhất định đối với một số dịch vụ y tế cho một số nhóm đối tượng).
Phương thức thanh toán được luật quy định phải dựa trên cơsở phục hồi đủ chi phí cho các bệnh viện; kể cả chi phí tại các bệnh vịện tư. Nếu các phương thức thanh toán không phục hồi được chi phí y tế thì không những không thể đảm bảo quyền lợi của bệnh nhân BHYT mà mặt khác, cũng không thể phát triển được hệ thống bệnh viện công một cách bền vững.